從農業部獲悉，從9月11日開始到年底，農業部要對包括轉基因在內的科研項目管理開始新一輪的清查整頓，分五組調查2011-2014年的農業科研項目經費使用管理情況，重點是監督農業科研項目資金是否做到單獨核算、專款專用，有無擴大經費使用范圍、預算外撥款、虛列支出、套取資金等違規、違紀、違法行為。

　　自去年以來，相關部委已多次就國家轉基因項目經費使用情況進行檢查，兩個月前被曝光的中國農大院士李寧涉嫌挪用巨額轉基因項目經費問題，就是其中之一。目前，清查仍在繼續。李寧采取的違法手段，是將國家轉基因專項經費，或者直接轉移至自己的公司，或者轉移到與別人合伙開辦的企業。據消息人士透露，自2008年啟動轉基因生物新品種培育科技重大專項以來，國家財政最多的時候一年就有二三十億元的預算，但卻一直缺乏有效的監管，一些擁有院士級別的專家也在借機牟利。

　　分析稱，預計像李寧一樣，在主持轉基因重大項目的同時，又兼公司老板或者參股企業的情況，將會受到嚴格清查、嚴格整頓;而過去主持轉基因項目的院士的權力，也可能會被削弱。