實驗操作步驟如下:

　　1.確定干燥、不含溶劑的待分離粗產品的重量。

　　2.用薄層色譜(TLC)選取溶劑體系，使Rf的值處于0.2～0.3之間。

　　3.確定用于樣品上柱的方法。可有三種選擇：凈試樣法，溶液法(濕法)或硅膠吸附法(干法);對于液體和固體，較為普遍的方法是溶液法(濕法)上樣，即將樣品溶于溶劑中，然后將溶液加入分離柱。

　　4.確定合適的硅膠和化合物的比例。對于簡單的分離，通常要求兩者的比例為30~50：1(重量比);但對比較困難的分離，需要的比例高達120：1。

　　5.選取合適的分離柱——硅膠量決定了分離柱的尺寸，一般選用短而粗的加壓柱。

　　6.選取合適的收集用容器——將硅膠體積除以4，然后選取能裝下這個體積的容器就可(20L的硅膠對應于5 L的組分)。

　　7.裝柱。戴好活性炭口罩，在(落地)通風櫥中裝好分離柱，干法和濕法裝柱均可，只要能把柱子裝實就行。裝完的柱子應該要適度的緊密(太密了淋洗劑走的太慢)，一定要均勻(不然樣品就會從一側斜著下來)。

　　8.加樣。用少量的溶劑溶解待分離粗品，加樣，加完后將下面的活塞打開，待溶劑層下降至石英砂面時，加入淋洗劑，一開始不要加壓，等溶樣品的溶劑和樣品層有一段距離(2～4cm)，再加壓，這樣避免了溶劑(如二氯甲烷等)夾帶樣品快速下行。

　　9.樣品的收集。一邊收集樣品，一邊進行色譜分析(TLC、LC-MS或HPLC)跟蹤柱子的分離進程。

　　10.將所需純度的流出組分合并后用旋轉蒸發儀進行濃縮。

　　11.當完全除去溶劑后，進行分析(LC-MS、HPLC、或NMR等)，稱重。

　　12.按相關規程進行清場處理。