操作中還應注意如下問題：1，熱處理后應注意自然冷卻。2.熱處理時要防止切片干燥。3，應根據不同的抗體選擇合適的抗原修復方法。4，同一批抗原的檢測所用溫度和時間確保一致。5，注意形態學結構的改變(一般經高溫修復后胞漿會明顯被破壞，對細胞核的影響較大，會出現核破裂與蘇木到淡染等現象;而經酶水解的切片，其細胞漿破壞視消化時間長短而異，但核破壞較輕)。6，如果在常用的緩沖液中無法實現抗原修復，或經修復后的抗原定位發生改變，可改用一些不常用的緩沖液，或加一些螯合劑，如EDTA等可改善某些抗原的修復。

　　用于免疫酶組織化學抗原修復的消化酶很多，所選酶的種類、使用的濃度、pH、消化時間及溫度等均要視組織固定的不同，所檢測抗原的性質與組織類型的不同而異，應通過預實驗摸索確定。使用酶消化的原則：胰蛋白酶和蛋白酶K一般用于細胞內抗原，如Keratin,CEA與GFAP等。胃蛋白酶則主要用于細胞間質抗原的檢測。如fibronectin,Laminin與各型膠原等。一般來說，消化時間和組織切片固定的長短呈正比。在用酶消化與熱修復后均不能獲得結果的前提下使用抗原修復與酶消化結合的方法，有時會取得較為滿意的結果。一般常用蛋白酶K和微波相結合，但應注意，無論何種性質的抗原檢測均可能會在核內出現假陽性反應。因此必須要做對照。