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冷凍電鏡分辨率達2.2Å 促藥物研發(fā)進入新時代
[2015/5/14]
科學家們用冷凍電鏡(cryo-EM)成像了代謝酶與其抑制劑的結(jié)合,獲得了空前的高分辨率。他們認為,這種技術將為藥物研發(fā)帶來一場革命。
了解一個酶與藥物結(jié)合時的精確結(jié)構,就可以更好的設計藥物來阻斷或者增強酶的活性。美國國立癌癥研究所NCI(隸屬NIH)的Sriram Subramaniam博士領導研究團隊,對β-半乳糖苷酶(beta-galactosidase)及其抑制子PETG(phenylethyl-beta-D-thiogalactopyranoside)進行了高分辨率成像(2.2 Å),并將結(jié)果發(fā)表在五月七日的Science雜志上。
“以成像人類蛋白為基礎的藥物研發(fā)進入了新時代,”NIH主管Francis S. Collins博士說。“近原子水平的蛋白結(jié)構,為理解細胞過程提供了極為詳細的信息。”
藥物研發(fā)人員往往要分析小分子與蛋白質(zhì)的相互作用,而且分辨率越高越好。現(xiàn)在Subramaniam等人達到了cryo-EM成像迄今為止的最高分辨率(2.2 Å),此前只有X射線晶體衍射達到過這種水平的分辨率。這能為人們提供足夠的結(jié)構信息,進行更好的藥物研發(fā)。
用cryo-EM進行結(jié)構分析時,需要在液氮溫度下瞬間冷凍蛋白質(zhì)懸液,讓蛋白質(zhì)分子周圍的水分保持類似液體的狀態(tài),然后再通過成像解析蛋白分子的三維結(jié)構。1995年,Richard Henderson曾作過一個大膽的預測:在理想條件下,冷凍電鏡(cryo-EM)檢測蛋白結(jié)構應該可以達到3 Å的分辨率。現(xiàn)在研究者們已經(jīng)成功突破了這一理論極限。
“cryo-EM技術允許我們成像相對較小的蛋白,在接近天然環(huán)境的條件下獲得高分辨率結(jié)構,蛋白結(jié)構不受結(jié)晶過程的影響。這些優(yōu)勢使其成為了革命性的技術,”Dr. Subramaniam說。
研究人員用大約四萬張分子圖像,建立了β-半乳糖苷酶結(jié)合PETG的結(jié)構模型。他們明確了PETG的結(jié)合位點,揭示了復合體中的離子和水分子,獲得了極為詳細的氨基酸排列。
Dr. Subramaniam及其同事近年來用cryo-EM研究了一系列有重要醫(yī)學意義的分子,比如HIV的包膜糖蛋白以及腦細胞中的谷氨酸受體。而這項研究是分辨率最高的一次結(jié)構分析。
“Cryo-EM逐漸成為了結(jié)構生物學和癌癥藥物研發(fā)中的強大工具,” NCI 的Douglas Lowy說。“就算是難以結(jié)晶的蛋白,Cryo-EM也很容易獲得高分辨率的三維結(jié)構。”