為落實環保“兩會”精神、國務院關于加強環保重點工作的意見和《國家環境監測“十二五”規劃》，促進“十二五”期間全國環境監測站的轉型發展，總站編制了《中國環境監測總站“十二五”發展規劃》以下簡稱《總站規劃》)，于2011年2月1日向全國環境監測系統印發。

　　《總站規劃》于2010年8月份起草，歷經十余次專家研討會和站長專題會的研討，并多次征求意見，進行了幾十余稿的修改完善。《總站規劃》在總結“十一五”監測工作的基礎上，確立了總站“十二五”期間繼續深化轉型發展，加速技術研究型單位建設步伐的總體目標，明確總站要大力加強環境監測業務、技術、質量管理與保障四大體系建設，實施重點實驗室創建工程、信息產品創新工程、應急監測響應工程、培訓基地建設工程四大重點工程，力爭在“十二五”期間基本具備“三個說清”能力，實現“四個一流”(一流的人才、一流的水平、一流的裝備、一流的實驗室)，成為“五個中心”(全國環境監測技術中心、網絡中心、數據中心、質控中心、培訓中心)。