污染是細胞培養的大敵。預防和避免污染是細胞培養成功的關鍵之一。一開始就要十分重視，防止污染，否則會前功盡棄，不僅浪費時間，而且浪費人力、物力，甚至造成無法彌補的損失。 細胞培養中常見的生物污染類型有7種，分別是細菌污染、支原體污染、原蟲污染、黑膠蟲污染、真菌污染、病毒污染以及非細胞污染。他們在細胞培養中污染的特點如下： 

    1、細菌：細菌在普通倒置顯微鏡下為黑色細沙狀，根據感染細菌的不同，可有不同的外形，培養液一般會渾濁變黃，對細胞生長影響明顯。   

    2、支原體：黑色的，好象多為多形，培養液一般培養液一般會渾濁，原體感染，國內血清很多都沒有做支原體陰性檢測，而支原體是牛血清中最常見的微生物之一。而且它不能用過濾的辦法除去。支原體感染細胞以后，細胞病變不很明顯，只是慢慢死去。

    3、黑膠蟲：可以穿透濾膜，也可以通過空氣傳播，低倍下為黑色點狀，高倍下可看見黑色的小蟲游來游去，培養液也是不渾的，一般不會太影響，細胞還是可以用的。常常是細胞生長狀態良好，且觀測到的運動物無明顯增多，且培養液顏色、透明度無明顯變化，可在同一批號的血清養的細胞中發現類似現象。對細胞生長狀態不會有明顯影響，在細胞增殖旺盛之后會自然消失，除更換血清外無須特殊處理。

    4、真菌：一般培養液清亮，不變色，鏡下有絲狀物，有些真菌開始很像死細胞碎片，只是它很多很多的小塊很清楚，象珊瑚狀，不象細胞碎片分不清，慢慢的會長出很細的黑色絲狀物。真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發現，但是一旦發現有它的存在細胞就被污染了，也很難救活了。

    5、原蟲：培養液可輕微渾濁，顯微鏡下那些細小的點狀物數量非常多，輕微活動，細胞雖然可以生長但繁殖速度卻明顯減慢，而且細胞狀態不好，邊緣不清楚，細胞不透亮。他們與細胞可共生但會與細胞爭奪營養。這種共生是非常普遍的，但他們的數量小，細胞站優勢所以不會影響到細胞的正常生長，只有當他們到達一定的數量時就會影響到細胞的生長，最終形成惡性循環。

    6. 病毒：組織細胞培養過程中，如果沒有除去潛在的病毒，就會產生病毒污染。目前，從原代猴腎細胞的培養中已發現不少于20種血清性病毒。 盡管病毒污染的細胞不影響原代培養，但生產疫苗是不安全的。因此，潛在病毒是細胞大量生產和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題

    7、非同種細胞污染 ：即是細胞交叉污染，由于細胞培養操作時各細胞株所需的器材和溶液沒有嚴格分開，往往會使一種細胞被另一種細胞污染。目前，世界上已有幾十種細胞都被HeLa細胞所污染，致使許多實驗宣告無效。非細胞培養物所造成的化學成分的污染也偶有發生，大多是由于細胞培養所需物品清洗消毒不徹底而帶入一些有毒化學物質所致。 在上述的八種污染物中，黑膠蟲是現代細胞培養中討論比較多的，但大多數文獻未對其進行描述或一帶而過，就像上面關于描述黑膠蟲的情況是不完整，還有很多不明的情況。對其身份有多種猜測，到現在都沒有權威地對黑膠蟲進行分類學上的歸類。黑膠蟲到底是不是一種生物，如果是那黑膠蟲會是何種生物，如果不是，那黑膠蟲會是什么？一系列的問題都懸在奮斗在細胞生物學領域的學者們的心中。