抗原修復指的是逆轉表位掩蓋和恢復表位-抗體結合的技術。目前有多種技術可恢復表位的免疫反應性。簡單的方法有改變抗體稀釋液的pH或陽離子濃度，這可能影響抗體與表位的親和力。對于部分掩蓋的表位，在開始抗原修復之前可以先試試改變一抗的孵育條件。不過，這一步也需要抗體濃度、孵育時間和溫度的進一步優化。

　　在討論抗體修復方法時，技術通常分為兩大類，蛋白酶誘導的表位修復(PIER)和熱誘導的表位修復(HIER)。一旦優化好，抗原修復的影響可能是明顯的。

　　HIER被認為能逆轉一些交聯，并實現表位二級或三級結構的重建。每種組織、固定方法和待研究抗原的實驗方案必須經過優化。總的來說，HIER的成功率比PIER要高得多。HIER可利用微波爐、高壓鍋、蒸屜、高壓滅菌鍋或水浴開展。在HIER實驗中，微波爐是越來越流行的設備。這些方案大多加熱5分鐘，然后更換緩沖液。對于所有HIER方法，在開始IHC/ICC孵育之前必須讓玻片冷卻。HIER對時間、溫度、緩沖液和pH特別敏感，最佳方法必須根據經驗確定。

　　在PIER方法中，蛋白酶K、胰蛋白酶和胃蛋白酶等都曾成功恢復抗體與表位的結合。人們認為作用機制是切割了可能遮蓋表位的肽段。PIER的缺點在于恢復免疫反應性的成功率低，且有可能破壞組織形態和目的抗原。