配制培養基首先要明確培養目的，要培養什么微生物?是為了得到菌體還是代謝產物?是用于實驗室還是發酵生產?根據不同的目的，配制不同的培養基。

　　培養細菌、放線菌、酵母菌、霉菌所需要的培養基是不同的。在實驗室中常用牛肉膏蛋白胨培養基培養異養細菌，培養特殊類型的微生物還需特殊的培養基。

　　自養型微生物有較強的合成能力，所以培養自養型微生物培養基完全由簡單的無機物組成。異養型微生物的合成能力較弱，所以培養基中至少要有一種有機物，通常是葡萄糖。有的異養型微生物需要多種生長因子，因此常采用天然有機物為其提供所需的生長因子。

　　如果為了獲得菌體或作種子培養基用，一般來說，培養基的營養成分宜豐富些，特別是氮源含量應高些，以利于微生物的生長與繁殖。如果為了獲得代謝產物或用作發酵培養基，則所含氮源宜低些，以使微生物生長不致過旺而有利于代謝產物的積累。在有些代謝產物的生產中還要加入作為它們組成部分的元素或前體物質，如生產維生素B12時要加入鈷鹽，在金霉素生產中要加入氯化物，生產芐青霉素時要加入其前體物質苯乙酸。

　　營養協調

　　培養基應含有維持微生物最適生長所必須的一切營養物質。但更為重要的是，營養物質的濃度與配比要合適。

　　營養物質濃度過低不能滿足其生長的需要;過高又抑制其生長。例如，適量的蔗糖是異養型微生物的良好碳源和能源，但高濃度的蔗糖則抑制微生物生長。金屬離子是微生物生長所不可缺少的礦質養分，但濃度過大，特別是重金屬離子，反而抑制其生長，甚至產生殺菌作用。

　　各營養物質之間的配比，特別是碳氮比(C/N比)直接影響微生物的生長繁殖和代謝產物的積累。C/N比一般指培養基中元素碳和元素氮的比值，有時也指培養基中還原糖與粗蛋白的含量之比。不同的微生物要求不同的C/N比。如細菌和酵母菌培養基中的C/N比約為5/1，霉菌培養基中的C/N比約為10/l。在微生物發酵生產中，C/N比直接影響發酵產量，如谷氨酸發酵中需要較多的氮作為合成谷氨酸的氮源，若培養基C/N比為4/1，則菌體大量繁殖，谷氨酸積累少;若培養基C/N比為3/1，則菌體繁殖受抑制，谷氨酸產量增加。

　　此外，還須注意培養基中無機鹽的量以及它們之間的平衡;生長因子的添加也要注意比例適當，以保證微生物對各生長因子的平衡吸收。