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熒光RT-PCR技術可快速檢測H7N9禽流感病毒
[2013/4/24]
截至21日H7N9禽流感已確診102例,雖未有大面積爆發,但快速檢測與診斷、確診疫情發生與否已成為防控工作的關鍵。4月17日,北京檢驗檢疫局承擔的國家質檢總局科技計劃項目“禽流感病毒H7N9亞型雙重熒光RT-PCR定型技術研究”鑒定會上,專家組一致同意項目成果通過鑒定,并建議在進一步擴大和完善動物臨床驗證實驗基礎上,盡快推廣應用。
目前,在國內通用的確診禽類中禽流感病毒H7N9亞型的檢測技術中,除采用傳統的雞胚病毒分離方法外,通常采用核酸檢測方法,如普通PCR方法和基于熒光RT-PCR的“二步法”,但還沒有建立起采用熒光RT-PCR技術“一步法”檢測禽流感病毒H7N9亞型的方法。
據該項目組負責人、北京局檢驗檢疫技術中心動物實驗室博士高志強介紹,項目在實驗過程中,共建立了3種檢測方法。最終的禽流感病毒H7N9亞型雙重熒光RT-PCR檢測方法是在禽流感病毒H7亞型和N9亞型單重熒光RT-PCR檢測方法的基礎上通過優化建立,從而實現了對禽流感病毒H7N9亞型的一步快速定型。這種方法不僅能檢測最近流行的H7N9毒株,還可以用于篩查其他H7亞型毒株。此方法不僅引物特異,而且探針特異,這一“雙特異”性保證了結果的準確性,同時比普通PCR檢測技術要靈敏100~1000倍。
熒光RT-PCR檢測禽流感病毒原理
熒光RT-PCR就是在聚合酶鏈式反應(PCR)原有的一對特異性引物基礎上增加了一條特異性熒光雙標記探針。標準主要起草單位——北京出入境檢驗檢疫局的科研人員根據A型流感病毒的核酸保守區共有序列,開發設計上百對引物和幾十條探針序列,從中篩選出了敏感、特異的引物、探針,建立快速的通用型一步法檢測活禽或禽產品中所有A型禽流感病毒及針對H5、H7、H9亞型的熒光RT-PCR檢測技術。
PCR反應進行一個循環,在合成了N條新鏈的同時,就水解了N條探針,并釋放出了相應數量的熒光基團。儀器所接收到熒光信號的強度與PCR反應產物的量呈對應關系。隨著PCR反應的循環往復,PCR產物呈指數形式增長,熒光信號也相應增長。如果以每一個PCR循環結束時所測得的熒光值為縱坐標,以PCR循環數為橫坐標作圖,即可得到一條連接每一個循環后熒光值的擴增曲線。當檢測標本中含有所要檢測病原體的核酸序列時,所得到的曲線呈“S”型;而當標本中不含病原體,則PCR過程不發生,探針不被水解,不產生熒光信號,其擴增曲線為一水平線。也就是說,擴增曲線為“S”型時,就檢出了禽流感病毒;當擴增曲線為水平線時,就沒有禽流感病毒檢出。利用熒光RT-PCR檢測方法的4項標準有3項分別是對H5、H7、H9亞型禽流感病毒檢測提出的,還有一項是通用檢測方法的標準。北京出入境檢驗檢疫局動物檢驗檢疫實驗室主任張鶴曉介紹說,該方法可以檢測H1~H15的各種禽流感病毒。
禽流感病毒各亞型均屬A型流感病毒,根據A型流感病毒共有基因特定的序列,合成一對特異性引物和一條特異性的熒光雙標記探針。該探針與禽流感病毒特有的共同基因特異性結合,結合部位位于引物結合區域內。探針的5’端和3’端分別標記不同的熒光素,如5’端標記FAM熒光素,它發出的熒光能夠被檢測儀器接收,稱為報告熒光基團(用R表示),3’端一般標記TAMRA熒光素,它在近距離內能吸收5’端報告熒光基團發出的熒光信號,稱為淬滅熒光基團(用Q表示)。
當PCR反應在退火階段時,一對引物和一條探針同時與目的基因片段結合,此時探針上R基團發出的熒光信號被Q基團所吸收,儀器檢測不到R所發出的熒光信號;當PCR反應進行到延伸階段時,Taq酶在引物的引導下,以四種核苷酸為底物,根據堿基配對的原則,沿著模板鏈合成新鏈;當鏈的延伸進行到探針結合部位時,受到探針的阻礙而無法繼續,此時的Taq酶發揮它的5’→3’外切核酸酶的功能,將探針水解成單核苷酸,消除阻礙,與此同時標記在探針上的R基團游離出來,R所發出的熒光再不為Q所吸收而被檢測儀所接收;在Taq酶的作用下繼續延伸過程合成完整的新鏈,R和Q基團均游離于溶液中,儀器可繼續檢測到R所發出的熒光信號。
熒光RT-PCR檢測法特點
敏感性高、特異性強:熒光RT-PCR檢測方法不僅能夠用來檢測禽流感病毒H5、H7、H9亞型,對其他禽流感病毒亞型也能檢出,而且用通用型探針、引物檢測常見的其他禽類病毒,未發現交叉反應,這就說明該方法敏感性高、特異性強。
節約檢測時間:在檢驗檢疫實踐中,如果用僅針對某一亞型禽流感病毒的探針、引物,一個亞型一個亞型的測試,勢必會浪費人力、物力和時間。因此,先用通用型探針、引物驗證是否是禽流感病毒,再用亞型的探針、引物分型,將大大節約檢測時間。
不易污染:熒光RT-PCR技術通過連接電腦分析PCR過程中產生的熒光信號,實現了實時、在線檢測PCR擴增過程,而無需對PCR擴增產物進行后處理,克服了傳統的PCR技術易污染的缺點,可實現在同一個標準的操作程序條件下進行穩定、可靠的檢測。