對于LC-MS/MS色譜柱人們的慣性思維通常是由反相液相色譜柱開始研發,產生這種慣性思維是因為常規高效液相色譜分析中C18等反相高效液相色譜柱占有統治地位,另一方面是色譜公司不懂LC-MS/MS分析誤導用戶的結果。

　　LC-MS/MS分析的實用戰略和HPLC有很大不同!LC-MS/MS分析的方法的選擇性最重要!

　　色譜公司不能簡單地將現成的反相液相色譜填料裝成5cmx2.1mm短柱充當LC-MS/MS柱使用,但事實上幾乎所有色譜公司都是這樣做的。這樣的反相液相色譜LC-MS/MS柱有三個明顯的弱點:

　　(1)許多極性化合物難以保留，質譜靈敏度差。

　　許多重要的物質，如抗癌藥物DTIC,抗痛藥物河豚毒素，污染物質三聚氰胺,中草藥中糖肽等非常極性,在反相液相色譜柱上沒有保留。還有許多的化合物比較極性,使用少量的甲醇或乙腈就從反相液相色譜柱上洗脫。在藥物代謝研究中,觀察到許多化合物自己疏水,但代謝產物親水的情況。甲醇或乙腈含量低,離子化程度低,質譜靈敏度差。所謂水相C18柱在LC-MS/MS分析中沒有價值。

　　(2)用常規反相色譜填料裝成2.1mm內徑的色譜柱在LC-MS/MS和LC/MS應用中常陷入記憶效應(CarryoverEffect)的“陷阱”

　　LC-MS/MS和LC/MS應用中另一個重大問題是記憶效應(CarryoverEffect)。記憶效應是指在進樣后,再進一針空白在同樣的保留時間仍然觀察到化合物峰。記憶效應的副作用是明顯的:它可能人為地增加下一樣本的MRM信號,影響定量分析的精密度和準確度。USFDABioanalyticalRegulatoryGuidances限制最高校準標準(highestcalibrationstandard)的記憶效應不能超過20%最低校準標準(lowestcalibrationstandard)MRM信號的20%。

　　由于大部分色譜公司都使用現成的反相液相色譜填料簡單地裝成5cmx2.1mm短柱充當LC-MS/MS柱,在許多情況下，使記憶效應強,校準標準曲線范圍必須人為縮短,或不得已在進樣后,再進一針甚至兩針空白最小化記憶效應,然后進下一個樣品。所有這些嚴重地降低了生產效率。

　　(3)峰形拖尾或扭曲

　　因為活性硅醇基無法完全封閉,許多堿性化合物在幾乎所有色譜公司的反相液相色譜柱上面有明顯的峰形拖尾。這種峰形拖尾是記憶效應的一個重要的根源。

　　另一方面，使用不正確方法過分封閉致使一些酸性和兩性化合物分離效果不佳,特別是出現峰失真和分裂現象。