膜清洗頻率與預處理措施的完善程度是緊密相關的。預處理越完善，清洗間隔越長;反之，預處理越簡單，清洗頻率越高。一般膜清洗是遵循“10%法則”-----當校正過的淡水流量與最初200h運行(壓緊發生之后)的流量相比，降低了10%和(或)觀察到壓差上升了10%-20%就需進行清洗。盡可能在脫鹽率下降顯示出來以前采取措施。正規安排的保護性維護清洗不足以保護反滲透系統。譬如，由于預處理設備運行不正常，進水條件在短時間內就會發生變化。

　　反沖洗對于防止大顆粒對某些型式反滲透膜件的堵塞是有效的。但不是所有的污染都可通過簡單的反沖洗就能清除掉，還需要有周期的化學清洗。化學清洗除需增加藥劑和人工費用外，還有污染問題，所以也不可過于頻繁，每月不應超過1-2次，每次清洗時間約1-2h。

　　化學清洗系統通常包括一臺化學混合箱和與之相配的泵、混合器、加熱器等。化學清洗常是根據運行經驗來決定(可以根據每列設備壓降讀數與運行時間的關系曲線，或是依據產水量、淡水水質和膜的壓降等)。

　　化學清洗所用的藥劑和方法，需根據污染源來決定。為了保證效果，在化學清洗前要進行沖洗。沖洗前先降壓，再用2-3倍正常流速的進水沖洗膜，靠流體的攪動作用將污物從膜面剝離并沖走。然后針對污染特征，選擇清洗液對膜進行化學清洗。為了保護反滲透膜件，液溫最好不超過35℃。

　　系統若停用5天以上，最好用甲醛沖洗后再投用。如果系統停用兩周或更長一些時間，需用0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生長。化學藥劑最好每周更換一次。